Beslutet mottogs med stor glädje av italienska katoliker, som protesterat mot ett beslut från 2009 då krucifix i skolorna förbjöds, rapporterar Dagen.
Italien överklagade beslutet och utrikesminister Franco Frattini beskrev rättsfallet som "en avgörande strid för religionsfrihet" så att troende inte behöver gömma sig "i katakomber".
- Krucifixet är inte en splittrande utan en enande symbol, sa Franco Frattini innan domstolens utslag kom på fredagen.
Italien frikändes nu från anklagelsen om brott mot mänskliga rättigheter.
Soile Lautsi från Abano Terme i norra Italien hade gett sina barn en sekulär uppfostran och ansåg att det var fel med kors på skolväggarna i en formellt sekulär stat som Italien.
Soile Lautsi gick till italienska domstolar, där hennes klagomål avvisades. Då tog hon sin sak till Europadomstolen för mänskliga rättigheter, som i ett utslag 2009 stödde henne och menade att kors i skolan kan vara stötande för icke-kristna barn och strida mot deras religionsfrihet och föräldrars rätt att uppfostra sina barn efter egen önskan.
Mängder av italienare ilsknade till och genomförde protester utöver Italien. Nu välkomnar de i stället det nya beslutet från Europadomstolen, rapporterar den italienska nyhetsbyrån Ansa.