Kliniken förstördes sent på lördag kväll. Ingen dog i attacken eftersom kliniken var stängd på grund av den otrygga situationen i området.
Utlandshjälpen har understött kliniken i flera års tid. Den grundläggande vården på kliniken riktar sig till kvinnor och barn.
Målet för missilerna var sannolikt en Hamasledares hem i närheten, rapporterar tidningen Dagen.
I går väntas de första lastbilarna från kyrkornas internationella katastrofallians, ACT ta sig in i Gaza. Lastbilarna innehåller bland annat kosttillskott, mediciner och akutsjukvårdsutrustning till dessa kliniker.